利用AO法脫氮除磷，必須要達到這兩個條件：
①為反硝化菌創造活躍的環境，積極除氮；
②創造聚磷菌活躍的環境，利用以上兩個作用脫氮除磷。同步脫氮除磷，在理論上是可行的，但實際操作上卻很困難。
1、以脫氮除磷為目的的AO運行方法
2、以除磷為目的的AO運行方法
微生物處于絕對厭氧條件下（無氧、無NO3-）時，與污水混合，為了從污水的有機物中獲取能量而攝取氧。但是，在氧氣不存在時，聚磷菌將消耗自身體內的三磷酸腺苷中的氧，獲得能量，其結果是在厭氧段釋放無機磷。隨后，含有被釋放出的磷的微生物混合水在好氧條件下，由于唯恐再次處于饑餓狀態，開始在體內大量蓄積超出釋放量的磷。通過這些微生物的作用，處理水中的磷減少了。這就是除磷的機理。
進行除磷處理時，首先在反應池內設絕對厭氧狀態。在絕氧池內，活性污泥與成為其食物的進水中的有機物進行混合，活性污泥中的聚磷菌釋放無機磷。但是，在接下來的好氧池內，聚磷菌攝取磷，由此達到除磷的效果。
3、AO脫氮/除磷工藝的區別
綜上所述，采用同樣的AO法運行，既可以脫氮又可以除磷，根據二者不同的機理，需要設定厭氧（無氧、有NO3-）和絕對厭氧（無氧、無NO3-）條件。
根據流程設定可以看出，AO脫氮/除磷相差的僅僅就是一個內回流，在AO脫氮工藝中，內回流攜帶硝態氮（受氫體）進入A池，碳源在A池中代謝完成脫氮的代謝；而在AO除磷工藝中，A池要保證厭氧環境，A池是對于有機物是初步的代謝及儲存，最終在好氧池中作為能量進行磷酸鹽的過量吸收的代謝過程。
所以一般的，我們可以從有無內回流來判斷AO工藝是脫氮還是除磷的設置，當然也有少部分將內外回流合并到一起的，我們不是很贊同這種設計，這種設計會把二沉池的停留時間跟生化池的綁定，使二沉池的進水負荷增加，停留時間縮短，后果就是要么二沉池做的大，要么停留時間不夠沉淀效果很差！